Игра начинается в 1602 г. н. э. и ведётся за неопределённую европейскую нацию, намеренную расширить свои владения за счёт заокеанских территорий. Вначале игрок должен найти поблизости остров, заселить его и начать развитие экономики. Американская версия игры содержит не только все 6 сценариев, вошедших в европейскую (в дополнение к учебнику и тренировке), но и 9 новых, вместе с режимом фриплея.

Anno 1602 также поддерживает игру по сети, в которой может участвовать до четырёх игроков. Поскольку режим мультиплеера был не настолько проработан, как в более поздних играх, часто происходят баги и разъединения. Несмотря на это, некоторые игроки до сих пор сохраняют интерес к многопользовательской игре в Anno 1602. В эту игру можно играть и с помощью нуль-модемного соединения.

Игра сделана настолько нейтральной в национальном вопросе, насколько возможно. После ввода имени персонажа игрок выбирает одно из четырёх цветных знамён, которое будет символизировать его страну. После этого он может начать один из сценариев или играть в режиме фриплея. Это радикально иной подход по сравнению с такими играми, как The Settlers или Age of Empires, и, по мнению критиков, отсутствие различий между нациями обедняет игру. Фанаты и разработчики игры возражают, что игра создана таким образом, чтобы не создавать неравных условий между игроками в развитии экономики.

В отличие от других игр, где технология играет большую роль в противостоянии сторон, в Anno 1602 технические улучшения важны прежде всего для внутреннего развития колонии. Например, в ней преобладают апгрейды, повышающие не боеспособность кораблей, а их грузоподъёмность и увеличивающие тем самым доходы колонии. Большинство зданий в ходе игры также могут быть улучшены на радость горожанам, которые будут увеличивать доходы колонии и давать игроку возможность для её развития и заселения других островов.

Для постройки военных предприятий игроку требуется достичь определённого уровня населения. Производство оружия идёт с помощью целой цепочки зданий; кроме того, другие здания производят юнитов. После постройки зданиям также понадобится постоянный приток денег (ещё одна причина, почему в игре так важна экономика). Несмотря на сложность, такая «линия производства» была внедрена и в более новые игры, например, в Stronghold. Даже после строительства большой армии враг может нанести серьёзный урон, взяв остров в кольцо блокады и прервав торговлю; такая тактика очень похожа на реальные действия, происходившие во время европейских войн.

С развитием и расширением колонии игрок получает доступ к все большему числу различных типов зданий, а горожане начинают возводить более элегантные и внушительные по размерам дома. Такая цикличная система — одна из причин продолжительного интереса к игре, и многие игроки потратили не один час в попытках увеличить население колонии, чтобы под конец получить доступ к новой постройке или юниту.