Для запуска игры придется немного потанцевать с бубном и попрыгать возле консоли. Способ запуска описанный на иностранных форумах через gx loader у меня не дал результатов. В итоге нашел свой, хоть и более медленный, но зато работающий способ.
Режем игру на DVD9 балванку или записываем на винт. Создаем папку apps в корне карты памяти. В папку apps копируем папку NeoGamma из раздачи. Создаем в корне карты памяти папку NeoGamma. Заходим в папку MPT_dols (есть в раздаче), далее заходи в папку mptX, где X часть в которую вы хотите поиграть. Копируем от туда файл R3ME.dol в папку NeoGamma которая находится в корне карты памяти. Вставляем карточку в Wii, загружаем через хоумбрю канал NeoGamma. Если у вас игра на диске то нажимаем launch dvd если на винте то выбираем во второй строке Mount USB. Затем в первой выбираем метроид прайм и запускаем. Создаем сейв и выходим в меню вии ( если вы попробуете запустить одну из 3ех игр то вии уйдет в ребут). Затем опять открываем хоумбрю канал, заходим в NeoGamma, заходим в опции и в пункте Alternative dol выбираем "load from sd". Возвращаемся в главное меню NeoGamma и запускаем игру. Теперь у вас начнет загружаться не меню трилогии, а та часть игры dol файл которой вы положили в папку NeoGamma в корне карты памяти.
Неудобство моего способа лишь в том, что если вам захочется сыграть в другую часть то придется идти к компу и менять dol файл на карте памяти. Но зато работает.
Если кто-то не понял что делать, спрашивайте.