Игра начинается с того, что Принца ведёт через джунгли маленький джинн по имени Зара. Они приходят на пустую поляну и находят женскую крылатую статую, Зара вселяется в эту скульптуру и убеждает Принца поцеловать её. Это заключает волшебный контракт между ними, который подарил Принцу защиту от смерти. Также Принц получает магический взор, позволяющий найти вход сквозь зачарованные скалы. Зара показывает королевство, которое она обещала — полуразрушенный дворец, весь заросший ядовитой лозой. Принц подходит к нему и читает надпись на одной из стен: «Кто сможет спасти мою дочь и дворец, тот получит их двоих», а рядом статую с мечом в груди. Принц вынимает этот меч, прежде чем Джинни успевает его предостеречь. Статуя оживает и превращается в некое женоподобное существо, которое исчезает. Вскоре на Принца нападает огромное чудовище, герой использует меч, но он неожиданно ломается и лезвие остаётся в теле чудовища, которое убегает. Зара объясняет, что в статуе была заточена Хаома — великое зло, разорившее королевство Издахар, уничтожившее его народ и проклявшее эти земли. С помощью магического меча удалось остановить Хаому и распространение её ядовитой лозы. И единственный способ победить зло — с помощью этого меча, но так как он сломан, теперь придётся вернуть лезвие и перековать клинок. Принц гонится за монстром по разрушенному дворцу, убивая мешающих ему монстров — бывших жителей дворца, которых изменила Хаома. По пути Зара рассказывает, что народ джиннов пообещал победить Хаому, но она всех их убила, кроме Зары, которой удалось сбежать и спрятаться в лампе на базаре, где её нашёл Принц, которому она пообещала исполнить три его желания — получить собственное королевство, красивую невесту и власть над смертью. Таким образом она хотела исполнить обет своего народа. Наконец, Принцу удаётся нагнать чудовище, в схватке с которым перс побеждает. Оказывается, что это последний султан этого дворца, изменившийся из-за проклятья Хаомы. Перед смертью он просит Принца спасти его дочь — принцессу Назрин и уничтожить Хаому. Теперь Принцу нужно соединить две части меча, для этого Зара ведёт его в Святилище, где нужно пройти испытания четырёх божеств — лебедя Кандеджа, вестника богов, мужчины Тистрия, бога морей, быка Маха, бога Луны и крылатой женщины Зам-Арматай, божества земли. После испытаний меч восстанавливается и приходит время последней битвы Оказывается, что летающее женоподобное существо вовсе не Хаома, а только её часть — проклятая принцесса. А сама Хаома это огромное растение, стебли которого и заполонило весь дворец. Принц убивает Хаому, поразив её сердце — гигантский бутон, и принцесса вновь обретает свой облик, но её ноги обвивает лоза и пытается утянуть в пропасть. Принцу удаётся поймать руку Назрин, но не может её удержать — стебли умирающей Хаомы тянут вниз. Зара вселяется в тело Принца и целует принцессу, передавая ей защиту от смерти. Теперь бессмертная Назрин падает в пропасть, Хаома окончательно умирает и её стебли начинают рушить дворец. Принц бежит прочь из разрушающегося дворца, но тот слишком быстро погружается в песок. Джинни сливается с Принцем и переносит его в свой эфирный мир. Там Принц должен найти Пламя, которое поможет вернутся ему в реальный мир. Но это спытание придётся пройти трижды, потом героя выбрасывает на ту самую поляну с крылатой статуей богини, которую он ломает при падении. Принц зовёт Зару, но она не отзывается. Герой падает на колени, подбирает осколок лица статуи, смотрит на него, после чего уходит в пустыню, оставляя на песке кусок скульптуры. Это сопровождается фразой Зары — «Такова истинная история. Когда стены Издахара поглотили пески, судьба разлучила нас. И я знала, что однажды он придёт за мной. И в этот день я снова встречу моего принца».